皖西学院前身之一的六安师范专科学校于1958年建校。物理、化学是最早成立的专业之一，随着学校的发展，学校从单一的师范类专业逐渐增加一些应用型专业。2000年随着三校（六安师范专科学校、皖西联合大学、六安师范学校）合并升本，更名为现在的皖西学院。由此，皖西学院发展迎来新的机遇，学校应用型本科专业迅速增加到现在的42个。与此同时，基础和专业教学实验室建设也得到了迅速的发展，尤其是在迎接2006年教育部本科教学工作水平评估，学校以评促建，全方位地加大了对实践教学条件的建设投入，并于2004年启动了以“两层次四模块”为架构的实践教学体系建设工程，确立了基础实验教学在人才培养中的地位，成立了公共基础实验实训中心。正处级建制，属教学、教辅单位。

中心下设三个实验分中心：基础物理实验中心、基础化学实验中心和电工电子实验中心。基础物理实验中心于2004年是由原物电系力学、热学、光学、电磁学及部分近代物理实验室组成，同年该中心获批为安徽省基础课实验教学示范中心，是公共基础实验实训中心最早组建的分中心。基础化学实验中心于2006年由化学与生命科学系的无机化学、分析化学、有机化学、物理化学、仪器分析等实验室从该系专业实验室剥离组建形成；电工电子实验中心于2004年在原物电系的电工、电路、模电和数电实验室基础上组建而成。

中心2010年获批为省级实验实训示范中心，2012年荣获安徽省高校实验室建设和管理工作先进单位，2013年获校级优秀教学管理集体，并在全校教学工作考核中获得理科组第一名。近年来，有多位教师被评为省级“教学名师”、“优秀教师”和“教坛新秀”。中心教师承担国家级项目13项，获得各类发明专利91项，在国内外刊物上发表高水平科研论文300余篇，其中被SCI、EI收录100余篇。获得省级教学成果多项，其中2012年“开放式公共基础实验教学管理平台构建与实践”和2017年“自主研制实验教学仪器 创新实验教学方法 助力应用型人才培养”均获安徽省教学成果一等奖。出版实验教材9部，自编实验讲义和指导书18部，公开发表教学研究论文69篇。自制开发实验仪器设备15种。利用中心实验室开放，学生在各类竞赛中取得了骄人的成绩，获省级以上奖励105项，获国家发明和实用新型专利25项。

2016年10月学校组建成立实验实训教学管理部，基础实验中心为副处级建制，隶属于实验实训教学管理部。